咖啡在工艺流程中，首先将咖啡樱桃清理洗涤干净，然后去掉外面的皮，这样的一个过程主要是采用发酵的方式，在发酵的时候，果皮、果汁和果肉会脱落，伴随着这些废弃物一起排放出去的便是咖啡污水。此外，咖啡湿式脱壳废水（包括发酵浸泡水）和脱胶废水也是咖啡废水的重要来源。这些废水成分复杂，悬浮物、果胶、COD、BOD5、氨氮较高，其可生化性差，难以生化处理，因此为重点处理对象。
咖啡污水的特点最重要的包含有机物含量高、容易腐败和毒性不强。由于咖啡果上脱落的果皮、果肉及汁水等组成，成分主要为植物纤维、植物蛋白、果糖、植物油脂、维生素及果胶等有机物和沙土等，主要污染指标为色度、pH、SS、COD、BOD5、总氮、氨氮、总磷、总大肠菌群等。
咖啡废水的处理工艺流程通常包括格栅去除大颗粒杂质、混凝沉淀去除难生物降解的大分子有机物和悬浮物、厌氧消化去除有机污染物和二氧化碳、好氧处理进一步去除有机物和氨氮、三级处理则根据废水的回用用途逐步降低残留SS和细菌含量。
以云南某咖啡加工有限公司临沧某加工厂为例，该工厂采用湿法加工+生物质锅炉供热烤干工艺，建设规模为25m³(鲜果)/d。咖啡初加工废水主要来自于咖啡鲜果清洗分级、机械脱皮、脱胶及发酵浸泡清洗工序。预处理阶段采用斜筛与气浮相结合，筛分去除大量果壳，并通过混凝设置排泥泵及浮渣刮渣设备去除悬浮颗粒及上浮果胶。随后通过石灰乳-碳酸氢钠-ABR回流水三合一中和原水调节pH并提供碱度，保障厌氧消化快速进入产甲烷阶段。最终经过多级解决方法，基本能实现达标(GB8978-1996)排放