发酵废水主要来自于食品加工、制药、酿酒等行业。在这些生产的全部过程中，大量有机废料和水混合形成废水，其中含有高浓度的有机物质和微量的酸碱等物质。例如，在酒精工业中，废水大多数来源于材料的清洗、浸泡、洗涤水、冷却水；材料发芽时降温的喷雾水、麦槽水、洗涤水等；在进行糖化过程中的过滤洗涤水；对于装瓶过冲中洗瓶及成品车间的冷却水和洗涤水。
发酵废水是一种高浓度的有机废水，COD含量高达57万mg/L，主要超标指数有COD、BOD和SS等。若直排入外界环境中，会严重造成水体富养而污染自然环境。此外，发酵废水中的氮主要以有机氮和氨氮的形式存在，经普通生物处理后氨氮往往不达标，硫酸盐浓度过高，给厌氧处理带来困难，发酵制药废水的色度一般较高，经过普通的生物二级处理后，色度一般不能够实现达标排放，仍需深度处理。
发酵废水的处理方法主要有物理法、化学法、生物法以及混合使用。在设计废污水处理工艺的时候，需要仔细考虑废水的水质和水量，根据废水的水量、水质、排放规律、环境条件等进行策划。适合好氧处理的，要考虑污水中是否有抑制好氧微生物的成分，可以在前期预处理的过程中，如何快速降解和消除，从而最大限度的达到氧化的效果。如果生物降解性能好的污水，可以再一次进行选择生物膜或活性污泥法。对于生物降解性比较差或水质波动比较大的污水，能够使用混合式活性污泥法。
案例一：某酒厂的发酵废水净化处理采用了生物膜法。生物膜法是利用生物膜上的微生物将有机物进行降解，具有较高的降解效率和处理稳定性。
案例二：采用蒸发器处理法对发酵废水做处理。该方法需要将发酵废水在经过前处理去除悬浮物调节好pH值的废水在蒸发器中进行蒸发处理，经过前处理后的废水在蒸发器内蒸发能保障达到较好的处理效果，有回收废水中的有机成分，且不易产生结垢，实现良好的经济效益。
案例三：废水生产酵母节能新工艺，在安徽蚌埠柠檬酸厂生产，取得投资少、能耗低、效果好的结果，既为发酵废水找到了合理的解决方法，也实现了资源的再利用